种子作为一个活的有机体，水分不仅是其内部新陈代谢作用的介质，而且是生理生化变化的参与者，种子的各种物理特性和生理生化变化均与种子的水分含量和存在紧密关联，从而对种子的成熟、休眠、贮藏、寿命、萌芽等产生重大影响。
种子中的水分是一个复杂的体系，一般多将它分为自由水和束缚水两种状态。自由水或称游离水，是指不被种子中的胶体吸引或吸引很小、能自由流动的水，主要存在于种子的毛细血管和细胞间隙中，具有一般水的性质，可做溶剂，0℃能结冰，自然条件下易蒸发；束缚水或称结合水，则是指被种子中的亲水胶体紧紧吸引、不能自由流动的水，不具备普通水的性质，不能作溶剂，低温下不会结冰，自然条件下不易蒸发，并具有一定的折光率。
种子水分的存在状态与种子生命活动紧密关联，当种子中只含有束缚水时，种子中的酶尤其是水解酶呈不活动状态，种子的新陈代谢极其微弱，有利于种子活力的保持和寿命的延长。而当自由水出现，种子中的酶就由钝化状态转化成活化状态，呼吸强度迅速升高，因而常可通过测定不同水分含量种子呼吸强度的方法来间接测定自由水的存在与否。随着种子中自由水量的增加，不但种子的新陈代谢变得旺盛，而且还会引起仓虫、微生物的活动，严重时贮藏种子会“发热”发霉，当水分超过一定限度时，还会发生发芽现象。
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