番茄在秋季设施栽培中占有很大比重，病害是影响秋番茄丰产优质的主要障碍，做好秋番茄病害防控至关重要。
灰霉病：开花期可在蘸花药液中加入0.1%的50%速克灵可湿性粉剂或50%扑海因可湿性粉剂，效果很好。也可对果实喷雾，但应注意轮换用药，防止病菌产生抗药性。
病毒病：为秋季设施番茄的突出病害，毒源有番茄黄化曲叶病毒、烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒，田间可因几种毒源混合侵染造成多种病毒病混合发生。应采用遮阳网、防虫网降低棚温及阻隔粉虱、蚜虫、蓟马等传毒害虫;及时中耕，促进根系发育;根据植株及天气情况合理浇水，防止徒长;注意平衡施肥，防止早衰，增强抗病性;田间操作时不要吸烟，整枝打杈时先整健株后整病株，接触过病株的手要用肥皂水洗净;适时采用色板、药剂防治传毒害虫。
晚疫病：是番茄的毁灭性病害，具有起病急、蔓延流行迅速的特点，一旦发病，若不及时合理防治，短时间之内即可扩展至全棚导致拉秧。应注意放风、调温控湿，避免叶面结露或形成水膜;避免浇水后遇阴雨天，发病后适当控制浇水;发现病株选用72%霜脲?锰锌可湿性粉剂、68%精甲霜?锰锌水分散粒剂、52.5%唑菌酮?霜脲氰水分散粒剂、25%嘧菌酯悬浮剂等药剂喷雾。
早疫病：发病后叶面有同心轮纹状病斑，暗褐色，水渍状。发病前后可用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍稀释液，或75%百菌清可湿性粉剂400倍稀释液喷雾，每7天1次，连喷3~4次。
叶霉病：设施栽培发病较重。发病前后可用70%代森锰锌可湿性粉剂500倍稀释液，或50%速克灵可湿性粉剂800~1000倍稀释液喷雾，每7天1次，连喷3~4次
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